Các tác phẩm của Nguyễn Văn Siêu đều bằng chữ Hán, và đã được khắc in.

Về sáng tác, có:

• Phương Đình văn loại (Văn Phương Đình phân loại)
• Phương Đình thi loại (Thơ Phương Đình phân loại)
• Phương Đình thi văn tập (Tập thơ văn Phương Đình)
• Phương Đình tùy bút lục (Sao lục tùy bút của Phương Đình)
• Phương Đình dư địa chí (Ghi chép địa dư của Phương Đình)

Ngoài ra, ông còn nghiên cứu, chú giải các sách cổ để dạy học, gồm:

• Chư kinh khảo ước (Lược khảo các kinh)
• Chư sử khảo thích (Khảo và chú các bộ sử)
• Tứ thư bị giảng (Giảng giải đầy đủ về tứ thư)...